Notepad++的手工配色相对比较智能，对于其内置的语言，在【设置->语言格式设置】中进行，【选择主题】中可以选择不同的配色主题，确定主题后，在【语言】中选择要修改的语言，在【格式名称】中选择修改那种元素，然后修改颜色和字体；对于非内置语言，则需要使用其内置的"User Defined Languages"对话框；对于一种新语言，首先从网上下载其语法高亮模板，然后再根据自己的要求使用这个对话框修改，直到满意为止。具体来说：
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下载语法高亮文件（xml文件），如果notepad++当前文件夹下没有 userDefineLang.xml 这个文件，将下载的文件放在此文件夹（与notepad++.exe同目录）下，并命名为userDefineLang.xml，如果已经有这个文件，则把下载内容追加到 userDefineLang.xml 末尾；
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启动Notepad++，【视图->自定义语言对话框】打开"User Defined Languages"对话框，在【自定义语言】下应该有刚才添加的语言；
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如果没有，用【Import】按钮导入下载的XML文件；
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对不满意的配色和内容进行修改，然后用【Export】导出，以备将来再次导入；
修改的方法参见帮助文档的"User Defined Languages"一节，简单地说，能够定制的特性有：普通文本的前/背景色，关键字集合的内容和前/背景色，代码折叠的开始、结束标志，注释的样式和颜色，数字的颜色，运算符的内容和颜色，以上所有内容的字体、字号，转义符号的定义（避免"aa\"bb"被解析成一对半字符串）等；